Bahnnetze ziehen sich kreuz und quer durchs ganze Land. Japan Railways (JR) – einschließlich der Shinkansen Lines – verbindet alle größeren Städte im ganzen Land, außerdem gibt es in jeder Region private Eisenbahnunternehmen. Große Städte haben außerdem zahlreiche andere Alternativen, z.B. U-Bahnen und Einschienenbahnen. Der Japan Rail Pass ist eine sehr wirtschaftliche und komfortable Möglichkeit für uneingeschränkte Fahrten auf JR Lines in ganz Japan, einschließlich Hochgeschwindigkeitszügen – mit Ausnahme von Nozomi.
